Die Mission der Juntendo University ist es, durch Bildung, Forschung und Gesundheitsversorgung nach Fortschritten in der Gesellschaft zu streben. Um diese Mission zu erfüllen, die auf der japanischen Redewendung „Sanmu Syugi“ basiert, akzeptiert die Juntendo Juntendo University jeden, unabhängig von Geschlecht, Nationalität oder akademischem Hintergrund, der das Universitätsmotto „Jin - Ich existiere wie du existierst“ und das Prinzip „Fudan Zenshin“ verkörpert - Kontinuierlich vorwärts gehen “.
Durch die Schaffung eines Umfelds, das sich darauf konzentriert, wie in Zukunft Verbesserungen vorgenommen werden können, hilft die Juntendo University hochmotivierten Menschen, die sich um andere kümmern, zu Angehörigen der Gesundheitsberufe, an die Patienten glauben können, Wissenschaftlern, die zu innovativen Entdeckungen und Erfindungen fähig sind, und globalen Bürgern, die bereit sind, der Gesellschaft zu dienen.